서울시에서는 징수원에 의해 징수해 오던 남산1·3호 터널의 혼잡통행료 징수방식을 교통카드로 납부할 수 있도록 시스템을 업그레이드하고, 2007.11.20부터 시험운영에 들어갔다. 징수방식은 남산 1·3호터널 상·하행선 게이트에 설치된 단말기에 교통카드를 접촉하면 혼잡통행료를 자동으로 결제해 주는 방식으로 그동안 혼잡시간대에 현금납부로 터널을 통과하면서 거스름돈으로 발생되는 교통지체를 완전히 해소할 수 있을 것으로 기대하고 있다.

현재 사용이 가능한 카드는 국민카드, 신한카드, 외환카드, 티머니 카드, 비씨카드, 하나카드이며, 2007년 12월중으로 삼성카드를 추가하고, 2008년 상반기에는 롯데카드, 현대카드, 씨티카드 등을 추가 사용할 수 있도록 할 계획이다.

아울러 향후 교통카드 사용이 활성화 되면 카드전용게이트도 설치해 나갈 계획이라고 서울시 관계자가 말했다.

한편 그동안 러시아워에 차량지체를 방지하기 위하여 사용했던 정액(회수)권 발행은 2008.1.1부터 중지하기로 하였다.