식물 신품종 보호제도는 식물 신품종 육성자의 권리를 법적으로 보장하여 주는 지적재산권의 한 형태로 특허권, 저작권, 상표등록권과 유사하게 육성자에게 배타적인 상업적 독점권을 부여하는 제도이다.

국립종자관리소에서는 종자산업법에 근거하여 '98년부터 신품종 육성자의 권리를 법적으로 보호하기위해 식물신품종보호제도를 수행하고 있다.

식물 신품종 육성자의 권리를 보호함으로써 우수품종 육성 및 우량종자의 보급을 촉진하여 농업 생산성의 증대와 농민소득을 증대하는데 있다.

식물신품종 보호제도에서 보호 대상작물은 2007년 8월 현재 189개 작물이고 오는 2009년 보호대상 전 작물로 확대 할 계획이다

어떤 품종이 품종으로써 보호받기 위해서는 신품종으로써 일정한 요건을 갖추어야 한다. 갖추어야 할 요건은 신규성, 구별성, 균일성, 안정성이며 여기에 고유한 한 개의 품종 명칭을 갖추어야 한다. 종자산업법에서 규정한 출원방식에 위배되지 않고 수수료를 납부하는 경우에는 품종보호권을 부여하도록 하고 있다.

품종보호의 출원은 출원인이 육성자의 성명 및 주소, 품종의 명칭, 품종육성과정 등을 기재한 출원서에 당해 품종의 종자시료 및 사진을 첨부하여 국립종자관리소에 제출하면 된다.

품종보호 출원된 품종은 출원심사(방식심사, 서류심사, 재배심사, 거절사정 등)와 출원공고 등의 과정을 거쳐 품종보호권 설정등록이 된다.

품종보호권 설정등록이 되면 품종보호권등록증이 출원인에게 송부되며 이때부터 품종에 대해 독점적인 권리가 발생하게 된다.

품종보호권의 존속기간을 품종보호권의 설정등록이 있는 날부터 20년으로 하고 있으며, 영년생 작물인 과수 및 임목의 경우에만 예외적으로 25년으로 하고 있다.